Journal of Applied Biosciences (J. Appl. Biosci.) [ISSN 1997 - 5902]
Volume 57: 4182 - 4193. Published September, 2012.
1: Institut National de la recherche Agronomique, INRA, Kenitra. BP: 257 Morocco
2 : Université Ibn Tofail, Faculté des Sciences Kenitra Morocco
Correspondant auteur: Najat HANDAJI, INRA, Kenitra. BP: 257. (Email: citrusinra@yahoo.fr)
RESUME
Objectif:
l’évaluation de la variabilité génétique peut fournir l'information de
base nécessaire pour optimiser et améliorer la conservation des
ressources génétiques. Ce travail visait à caractériser et
structurer la diversité génétique du germoplasme national de 71
variétés de mandariniers conservées ex situ. Pour capturer le maximum
de diversité génétique, 2 variétés d’orangers et 7 autres de
clémentiniers ont été associées à l’étude.
Méthodes: Neuf sur 32
couples d’amorces de marqueurs ISSR ont été utilisés pour cribler les
variétés ci-dessus citées. La taille des fragments a été estimée
à partir du gel d’agarose. Les bandes ont été codées linéairement en
affectant le chiffre 1 (présence) ou 0 (absence). Les données générées
ont permis la construction de la matrice des distances génétiques selon
les analyses NTSys.
Résultats: le contenu d'informations de
polymorphisme moyen (PIC) était de 0,62. De même, l’étude de la
diversité génétique entre les variétés d’agrumes en utilisant 9 couples
d’amorces ISSR (choisis parmi 32 amorces) a permis la régénération de
71 bandes amplifiables avec un taux de polymorphisme de 49% suggérant
que le germoplasme de mandarinier a une base génétique étroite et un
coefficient de similarité élevé variant de 0,83 à 1. Néanmoins, le plus
faible de ce dernier a été observé entre les variétés d’oranger et la
mandarine Saint Jean d’une part et d’autre part entre les mandarines
Chienka et Carvalhal. De même, les variétés de mandarinier ont été
classées dans plusieurs sous-groupes différents et dont certaines
ambiguïtés ont été rectifiées. Les marqueurs ISSR ont permis de
confirmer que la mandarine marocaine Nadorcott est un hybride de la
variété Murcott honney et elle est génétiquement proche aux variétés
Kinnow et tangerine Kinnow. En outre, la distinction entre la
clémentine Sidi Aissa et les autres clones de clémentiniers
pourrait servir le programme d’identification variétale.
Conclusion
et application des résultats: Bien que les variétés de mandariniers
étudiées fussent morphologiquement différentes, les distances
génétiques entre elles étaient faibles. Malgré ce faible polymorphisme,
le germoplasme national de mandariniers pourrait sous-tendre un
programme de création variétale et une nouvelle stratégie de
conservation in situ et ex situ.
Mots clés: Agrumes, Caractérisation, Amorces, variabilité génétique.
Assessment of genetic diversity among cultivars mandarins using Inter Simple Sequence Repeat marker (ISSR)
Objective:
Evaluation of genetic variation can provide the basic information both
needed to optimize and improve germplasm conservation. This study aimed
to characterize genetic diversity of 71 mandarin varieties. To capture
the maximum genetic diversity of 2 varieties of oranges and 7 others of
Clementine were associated with the study.
Methods: Nine out of 32
ISSR primer pairs were used. Dice coefficient was used to estimate
genetic similarities. Likewise, the UPGMA algorithm was utilised to
generate a phenogram depicting genetic relationships among accessions.
Results:
The average polymorphism information content (PIC)
was 0.62. In addition, genetic diversity study among citrus
varieties using 9 ISSR primer pairs (selected from 32 primers)
allowed the regenerating 71 amplifiable bands with polymorphism
rate of 49% suggesting that The mandarins’ group has a narrow genetic
base and very high similarity coefficient varying from 0.83 to 1.
Nevertheless, the lowest of the latter was observed between oranges
varieties and Saint Jean mandarin on the one hand and on the other hand
between Chienka and Carvalhal mandarins. Similarly, mandarin’s
varieties were clustered in several different sub-groups and some
ambiguities with name’s varieties have been rectified. ISSR markers
have confirmed that Moroccan mandarin Nadorcott is hybrid of cultivar
Murcott honney and is genetically similar to varieties Kinnow and
tangerine Kinnow. Moreover, ISSR markers allowed distinguishing between
Sidi Aissa clementine and other clones of clementine that could be used
in varietal identification program.
Conclusion and application of
results: Although the mandarin varieties studied were divergent in
morphology, the genetic distances among them were small. Despite this
low polymorphism, mandarin national germplasm could underpin a breeding
program and a new strategy for conservation in situ and ex situ.
Key words: Citrus, Characterization, primers, genetic variability.
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