Journal of Applied Biosciences (J. Appl. Biosci.) [ISSN 1997 - 5902]
Volume 60: 4394 - 4409 Published December 31, 2012.
Impacts des pratiques culturales sur l’organisation génétique des sorghos cultivés par les Lokpa au Nord-Ouest du Bénin révélés par les marqueurs SSRs
Antoine Abel Missihoun1, 2*, Hubert Adoukonou-Sagbadja1, Rollande Aladé Dagba1, Corneille Ahanhanzo1 & Clément Agbangla11Département de Génétique et des Biotechnologies, Faculté des Sciences et Techniques (FAST), Université d’Abomey-Calavi, 01BP 526, Cotonou, Benin.
2Centre Béninois de la Recherche Scientifique et Technique (CBRST), 03BP 1665, Cotonou, Bénin.
*Auteur correspondant : missihoun_antoine@yahoo.fr
RESUME
Objectif: Sorghum
bicolor (L.) Moench est une importante plante alimentaire dont la
conservation et la valorisation sont d’une grande priorité pour la
sécurité alimentaire des populations impliquées dans sa production.
L’objectif de cette étude est d’analyser les impacts du mode de gestion
traditionnelle sur la structuration génétique des sorghos cultivés afin
de définir des stratégies d’une meilleure conservation de ces
ressources génétiques en milieu paysan.
Méthodologie et résultats : une enquête ethnobotanique a été premièrement conduite en milieu Lokpa, l’une des plus importantes ethnies productrices du sorgho au Nord-Ouest du Bénin. Dans les trois villages prospectés, 13 noms représentant 10 variétés locales ont été inventoriés. Ces variétés sont traditionnellement classées en deux groupes principaux suivant la nomenclature paysanne des sorghos: les Talèm’la ou sorghos de champ et les Tiam’la ou sorghos de case. Une analyse morpho-botanique de 11 accessions de sorgho cultivé par les Lokpa et collectées lors de l’enquête a montré l’existence de deux races: la race guinea et la race caudatum. Enfin, une étude moléculaire utilisant 8 marqueurs microsatellites (SSRs) nucléaires a révélé une variation génétique relativement importante de cette collection avec un taux de polymorphisme de 87,5%, un nombre moyen d’allèles par locus de 3,125, un pouvoir discriminant (PIC) moyen de 0,32 et une distance génétique moyenne entre accessions estimée à 0,45. Les analyses UPGMA et PCoA des données moléculaires sont concordantes avec la classification paysanne des variétés en deux groupes globalement confirmée.
Conclusion et applications des résultats : Ces résultats révèlent clairement un impact significatif des pratiques paysannes sur l’organisation génétique des sorghos en milieu Lokpa. Ils sont significativement importants pour la définition de stratégies pour la conservation et donc l’utilisation durable des ressources génétiques du sorgho au Bénin.
Mots clés: Sorghum bicolor, ethnobotanique, marqueurs SSRs, structure génétique, conservation in situ, Bénin.
Impacts of agricultural practices on the genetic makeup of the sorghum cultivated in Lokpa, North-West of Benin revealed by SSRs markers
ABSTRACT
Objective: Sorghum bicolor (L.) Moench is an important crop that the conservation and valorization are of a great priority for food security of the local populations involved in its production. The objective of this study is to analyze the impacts of the mode of traditional management on the genetic structure of the sorghum for the definition of suitable on-farm conservation strategies.
Methodology and results: To implement the study, an ethnobotanic survey was first conducted in tribal area of Lokpa, one of the important ethnic groups in term of sorghum production and conservation. In the three villages investigated, 13 local names representing 10 landraces were inventoried. These varieties are traditionally classified into two principal groups according to farmer taxonomy: Talèm' or field sorghums and Tiam' or home sorghums. A morpho-botanic analysis of 11 accessions of these sorghum landraces collected during the investigation showed the existence of two races: guinea and caudatum. Lastly, a molecular study using 8 nuclear microsatellites (SSRs) markers revealed a relatively important genetic variability with a polymorphism rate of 87,5%, an average number of alleles of 3,125 per locus, an average PIC value of 0,32 and an estimated genetic distance between accessions averaging 0,45. UPGMA and PCoA analyses of molecular data are concordant with the farmer classification of the varieties into two groups globally confirmed.
Conclusion and results’ applications: These results clearly reveal a significant impact of the farmer practices on the genetic organization of the sorghums. They are significantly important for the strategies’ definition for conservation and sustainable use of sorghum genetic resources in Benin.
Key words: Sorghum bicolor, ethnobotanic, SSR markers, genetic structure, in situ conservation, Benin.
Méthodologie et résultats : une enquête ethnobotanique a été premièrement conduite en milieu Lokpa, l’une des plus importantes ethnies productrices du sorgho au Nord-Ouest du Bénin. Dans les trois villages prospectés, 13 noms représentant 10 variétés locales ont été inventoriés. Ces variétés sont traditionnellement classées en deux groupes principaux suivant la nomenclature paysanne des sorghos: les Talèm’la ou sorghos de champ et les Tiam’la ou sorghos de case. Une analyse morpho-botanique de 11 accessions de sorgho cultivé par les Lokpa et collectées lors de l’enquête a montré l’existence de deux races: la race guinea et la race caudatum. Enfin, une étude moléculaire utilisant 8 marqueurs microsatellites (SSRs) nucléaires a révélé une variation génétique relativement importante de cette collection avec un taux de polymorphisme de 87,5%, un nombre moyen d’allèles par locus de 3,125, un pouvoir discriminant (PIC) moyen de 0,32 et une distance génétique moyenne entre accessions estimée à 0,45. Les analyses UPGMA et PCoA des données moléculaires sont concordantes avec la classification paysanne des variétés en deux groupes globalement confirmée.
Conclusion et applications des résultats : Ces résultats révèlent clairement un impact significatif des pratiques paysannes sur l’organisation génétique des sorghos en milieu Lokpa. Ils sont significativement importants pour la définition de stratégies pour la conservation et donc l’utilisation durable des ressources génétiques du sorgho au Bénin.
Mots clés: Sorghum bicolor, ethnobotanique, marqueurs SSRs, structure génétique, conservation in situ, Bénin.
Impacts of agricultural practices on the genetic makeup of the sorghum cultivated in Lokpa, North-West of Benin revealed by SSRs markers
ABSTRACT
Objective: Sorghum bicolor (L.) Moench is an important crop that the conservation and valorization are of a great priority for food security of the local populations involved in its production. The objective of this study is to analyze the impacts of the mode of traditional management on the genetic structure of the sorghum for the definition of suitable on-farm conservation strategies.
Methodology and results: To implement the study, an ethnobotanic survey was first conducted in tribal area of Lokpa, one of the important ethnic groups in term of sorghum production and conservation. In the three villages investigated, 13 local names representing 10 landraces were inventoried. These varieties are traditionally classified into two principal groups according to farmer taxonomy: Talèm' or field sorghums and Tiam' or home sorghums. A morpho-botanic analysis of 11 accessions of these sorghum landraces collected during the investigation showed the existence of two races: guinea and caudatum. Lastly, a molecular study using 8 nuclear microsatellites (SSRs) markers revealed a relatively important genetic variability with a polymorphism rate of 87,5%, an average number of alleles of 3,125 per locus, an average PIC value of 0,32 and an estimated genetic distance between accessions averaging 0,45. UPGMA and PCoA analyses of molecular data are concordant with the farmer classification of the varieties into two groups globally confirmed.
Conclusion and results’ applications: These results clearly reveal a significant impact of the farmer practices on the genetic organization of the sorghums. They are significantly important for the strategies’ definition for conservation and sustainable use of sorghum genetic resources in Benin.
Key words: Sorghum bicolor, ethnobotanic, SSR markers, genetic structure, in situ conservation, Benin.
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