Journal of Applied Biosciences (J. Appl. Biosci.) [ISSN 1997 - 5902]
Volume 67: 5183 - 5193 Published July 30, 2013.
Impact de Eucalyptus camaldulensis sur la diversité des rhizobiums associés à Acacia senegal et A. seyal au Sénégal.
Abdoulaye SOUMARE1,2*, Tahir DIOP1,2, Ouahmane LAHCEN3, Gora BASSENE2 , Robin DUPONNOIS 4, Ibrahima NDOYE1,2 (1) Departement de Biologie Végétale, Faculté des Sciences et Techniques, Université Cheikh Anta Diop, BP 5005, Dakar-Fann, Sénégal,
(2) Laboratoire Commun de Microbiologie (LCM, IRD/ISRA/UCAD), Bel-Air BP 1386, CP 18524, Dakar-Sénégal,
(3) Laboratoire d’Ecologie et Environnement (URAC 32 associée au CNRST), Université Cadi Ayyad, Marrakech, Maroc.
(4) CIRAD, UMR 113 CIRAD/INRA/IRD/SUPAGRO/UM2, Laboratoire des Symbioses Tropicales et Méditerranéennes (LSTM), Montpellier, France.
Corresponding author: E-mail: ablaysoumare@yahoo.fr ; Fax: 33 849 33 02, Phone: 221 33 849 33 26, GSM: +221 77 502 27 22
Original submitted in on 30th May 2013 Published online at www.m.elewa.org on 30th July 2013.
RESUME
Objectif
: Les rhizobiums sont des bactéries symbiotiques importantes pour le
développement et l’adaptation des acacias aux contraintes
environnementales. Cette étude avait pour objectif d’évaluer l’impact
de E. camaldulensis sur la diversité des rhizobiums associés à A.
senegal et A. seyal.
Méthodologie et résultats : La diversité des rhizobiums a été déterminée à partir de sols prélevés sous des plantations d’eucalyptus. Une suspension aqueuse de chaque sol a servi à inoculer de jeunes plantes d’acacia mises en culture dans des tubes Gibson. Au bout d’un mois, les nodules formés sur le système racinaire ont été récoltés, aseptisés et broyés. La région IGS des bactéries contenues dans chaque nodule a ainsi été amplifiée par PCR à l’aide d’amorces spécifiques. Les fragments amplifiés ont été séquencés et les séquences nucléotidiques obtenues ont permis de construire des arbres phylogénétiques. La diversité des rhizobiums dans les sols Sous Couvert (SC) et Hors Couvert (HC) a été calculée par l’indice de Shannon pour chaque plante piège. Les résultats obtenus montrent que les plantations de E. camaldulensis réduisent la diversité des rhizobiums associés aux acacias sahéliens mais l’effet varie selon la plante piège. Les bradyrhizobiums associés à A. seyal étaient majoritairement rencontrés dans les sols SC de Eucalyptus ; ce qui semble montrer un effet sélectif.
Conclusion et application de résultats : Cette étude a montré que E. camaldulensis impacte négativement sur la diversité des rhizobiums mais, le groupe des bradyrhizobiums semble être plus tolérant à l’effet Eucalyptus que les autres groupes de rhizobiums. Ces bactéries pourraient ainsi être utilisées pour la récupération des sols ayant servi à des plantations de Eucalyptus.
Mots clés : Diversité des Rhizobiums, Acacia, Impact de Eucalyptus.
Méthodologie et résultats : La diversité des rhizobiums a été déterminée à partir de sols prélevés sous des plantations d’eucalyptus. Une suspension aqueuse de chaque sol a servi à inoculer de jeunes plantes d’acacia mises en culture dans des tubes Gibson. Au bout d’un mois, les nodules formés sur le système racinaire ont été récoltés, aseptisés et broyés. La région IGS des bactéries contenues dans chaque nodule a ainsi été amplifiée par PCR à l’aide d’amorces spécifiques. Les fragments amplifiés ont été séquencés et les séquences nucléotidiques obtenues ont permis de construire des arbres phylogénétiques. La diversité des rhizobiums dans les sols Sous Couvert (SC) et Hors Couvert (HC) a été calculée par l’indice de Shannon pour chaque plante piège. Les résultats obtenus montrent que les plantations de E. camaldulensis réduisent la diversité des rhizobiums associés aux acacias sahéliens mais l’effet varie selon la plante piège. Les bradyrhizobiums associés à A. seyal étaient majoritairement rencontrés dans les sols SC de Eucalyptus ; ce qui semble montrer un effet sélectif.
Conclusion et application de résultats : Cette étude a montré que E. camaldulensis impacte négativement sur la diversité des rhizobiums mais, le groupe des bradyrhizobiums semble être plus tolérant à l’effet Eucalyptus que les autres groupes de rhizobiums. Ces bactéries pourraient ainsi être utilisées pour la récupération des sols ayant servi à des plantations de Eucalyptus.
Mots clés : Diversité des Rhizobiums, Acacia, Impact de Eucalyptus.
Impact of Eucalyptus Camaldulensis on the diversity of rhizobia associated with A. Senegal and Acacia seyal in Senegal
ABSTRACT
Objective:
Rhizobia, symbiotic bacteria are important for development and
adaptation of Sahelian Acacia species. This study aimed to assess the
impact of E. camaldulensis on the diversity of rhizobia associated with
A. senegal and A. seyal.
Methodology and results: Rhizobia diversity was determined from soil collected under eucalyptus plantations and compared to control. An aqueous suspension of each soil was used to inoculate young acacia plant grown in Gibson tubes. The nodules on the root system were harvested, sanitized and grind. The IGS region of bacteria was amplified by PCR using specific primers. The amplified fragments were sequenced and the nucleotide sequences obtained allowed us to construct phylogenetic trees. The diversity of rhizobia in SC (Under Eucalyptus) and HC (Control) soils was calculated by the Shannon index for each trap plant. The results show that plantations of E. camaldulensis reduce the diversity of rhizobia associated with Sahelian Acacia, but the effect depends on the trap plants. The bradyrhizobia associated with A. seyal were predominantly found in the SC soil, which seems showed a selective effect.
Conclusion and application of findings: It appears from this study that the plantations of E. camaldulensis reduce the diversity of rhizobia associated with Sahelian Acacia species. The bradyrhizobia group seems to be more tolerant to eucalyptus effect than other rhizobia groups. The study results suggest that these bacteria could be used for recovery of the areas which served to eucalyptus.
Key words: Diversity of rhizobia, Acacia, Eucalyptus Impact
Methodology and results: Rhizobia diversity was determined from soil collected under eucalyptus plantations and compared to control. An aqueous suspension of each soil was used to inoculate young acacia plant grown in Gibson tubes. The nodules on the root system were harvested, sanitized and grind. The IGS region of bacteria was amplified by PCR using specific primers. The amplified fragments were sequenced and the nucleotide sequences obtained allowed us to construct phylogenetic trees. The diversity of rhizobia in SC (Under Eucalyptus) and HC (Control) soils was calculated by the Shannon index for each trap plant. The results show that plantations of E. camaldulensis reduce the diversity of rhizobia associated with Sahelian Acacia, but the effect depends on the trap plants. The bradyrhizobia associated with A. seyal were predominantly found in the SC soil, which seems showed a selective effect.
Conclusion and application of findings: It appears from this study that the plantations of E. camaldulensis reduce the diversity of rhizobia associated with Sahelian Acacia species. The bradyrhizobia group seems to be more tolerant to eucalyptus effect than other rhizobia groups. The study results suggest that these bacteria could be used for recovery of the areas which served to eucalyptus.
Key words: Diversity of rhizobia, Acacia, Eucalyptus Impact
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